1948年11月7日,学校建立于河北省平山县西柏坡下东峪村,时为“中共中央直属机关供给部育英学校”。
1949年4月22日,学校搬离下东峪村,随中共中央进京,当时学校位于傅作义部队的旧军营内(现万寿路校址)。
1956年,学校改称"北京育英小学",划归北京市海淀区教育局管辖。
1958年,为适应学校的发展增设了中学部,改名为“北京育英学校”。
1964年,中学部分离,学校易名为“北京育英小学”。
1970年,学校再次设立中学部,恢复校名“北京育英学校”。
2008年,学校被国家体育总局授牌命名为“中国游泳协会北京市育英学校游泳运动学校”。
2014年8月30日,延庆县十一学校成为北京育英学校延庆分校。
2015年1月31日,北京市育英学校密云分校成立,挂名”密云县第七中学“。
2015年2月27日,北京育英学校大兴分校成立。
2015年3月8日,学校新校史馆启用。
2015年9月10日,北京市育英学校青年教师研修学院揭牌,同月学校开始尝试“五四学制”,将六、七年级衔接。
2016年1月19日,海淀区永定路中学、海淀区西翠路小学并入北京市育英学校,分别改为育英学校航天校区、育英学校西翠路校区。
2017年3月17日,湖南省郴州市永兴县五星学校与北京育英学校签约合作办学,五星学校正式更名为“北京育英永兴五星实验学校”。
2018年,经海淀区教委批准,育英学校在紫金长安校区开办“附设幼儿班”。