1948年11月7日，学校建立于河北省平山县西柏坡下东峪村，时为“中共中央直属机关供给部育英学校”。
1949年4月22日，学校搬离下东峪村，随中共中央进京，当时学校位于傅作义部队的旧军营内（现万寿路校址）。
1956年，学校改称"北京育英小学"，划归北京市海淀区教育局管辖。
1958年，为适应学校的发展增设了中学部，改名为“北京育英学校”。
1964年，中学部分离，学校易名为“北京育英小学”。
1970年，学校再次设立中学部，恢复校名“北京育英学校”。
2008年，学校被国家体育总局授牌命名为“中国游泳协会北京市育英学校游泳运动学校”。
2014年8月30日，延庆县十一学校成为北京育英学校延庆分校。
2015年1月31日，北京市育英学校密云分校成立，挂名”密云县第七中学“。
2015年2月27日，北京育英学校大兴分校成立。
2015年3月8日，学校新校史馆启用。
2015年9月10日，北京市育英学校青年教师研修学院揭牌，同月学校开始尝试“五四学制”，将六、七年级衔接。
2016年1月19日，海淀区永定路中学、海淀区西翠路小学并入北京市育英学校，分别改为育英学校航天校区、育英学校西翠路校区。
2017年3月17日，湖南省郴州市永兴县五星学校与北京育英学校签约合作办学，五星学校正式更名为“北京育英永兴五星实验学校”。
2018年，经海淀区教委批准，育英学校在紫金长安校区开办“附设幼儿班”。